A Gol Linhas Aéreas chegou trazendo um conceito inédito no Brasil: o "Low Cost, Low Fare" (Baixo custo, baixa tarifa). A empresa surgiu no dia 1º de agosto de 2000 e iniciou suas operações no dia 15 de janeiro de 2001 com quatro Boeing 737-700. A Gol pertence ao Grupo Áurea, constituído por 38 empresas e sob a direção da família Constantino de Oliveira Júnior, dona de empresas de ônibus em São Paulo. A Gol se inspirou em companhias aéreas norte-americana como Southwest, Jet Blue, entre outras "low cost, low fare" para conseguir vender passagens com preços muito mais baixos do que o praticado pelas suas concorrentes graças aos custos reduzidos. Para isso a empresa terceirizou tudo, retirou o fogão das aeronaves (ganhando espaço para colocar mais assentos), menos tripulantes nas aeronaves, sem lojas (vendas somente pela internet ou telefone) e serviço de bordo simples: apenas bebidas e a famosa barrinha de cereal. Além disso as aeronaves voam em uma altitude maior e ficam menos tempo em solo, com isso a aeronave voa mais vezes por dia. Outra vantagem é que a companhia opera uma frota padronizada com aeronaves de última geração. Toda a frota da companhia é composta do mesmo modelo Boeing 737. Enquanto um Boeing 737-800 da Varig transportava 157 passageiros, um Boeing da 737-800 da Gol transporta 187 passageiros.
No dia 7 de agosto de 2001, com apenas sete meses de operações, a Gol registrou a marca de 1 milhão de passageiros transportados.
Em novembro de 2001 a empresa conseguiu autorização para operar no aeroporto Santos Dumont (no Rio de Janeiro) e na ponte aérea Rio-São Paulo. Na estréia, no dia 17 de março de 2002, a Gol realizou 22 voos por dia com a tarifa mais baixa do mercado, o que obrigou as demais companhias a reduzirem seus preços.
Em 15 de janeiro de 2002 a Gol completou um ano de existência, mantendo média de 62% de ocupação, contra os 58% que era a meta da empresa. Em seu aniversário a empresa estava voando para 17 destinos nacionais e encomendou mais dois Boeing 737-700 e dois 737-800.
Em 22 de dezembro de 2004, com apenas quatro anos de existência, a Gol iniciou a sua primeira rota internacional para Buenos Aires, com dois voos diretos e diários desde Guarulhos. No mesmo ano a Gol chegou a invejável posição de quarta companhia aérea mais lucrativa do mundo! Seu lucro operacional e líquido foram o vigésimo maior do mundo entre as companhias aéreas em 2004. E como se não bastasse a empresa anunciou junto a Boeing a maior compra de aeronaves feita por uma companhia aérea brasileira: 43 aeronaves. E depois ainda aumentou a encomenda para 101 unidades!
Em 2005 a Gol se expandiu internacionalmente, inaugurando voos para Santa Cruz de La Sierra e Assunção. Em abril desse ano a Gol passou a Varig no mercado nacional, se tornando a segunda maior nesse mercado.
Em 28 de abril de 2007 a Gol anunciou a compra da "nova Varig" (VRG Linhas Aéreas) por aproximadamente US$400 milhões. A ambição da Gol era expandir suas rotas através da VRG para a Europa e Estados Unidos e desbancar a Tam, se tornando a maior companhia aérea do Brasil. A VRG recebeu onze Boeing 767-300 e um Boeing 767-200 para as rotas intercontinentais e novos Boeing 737-700 e 800, para aumentar a frota e substituir os antigos Boeing 737-300. O primeiro novo voo intercontinental foi São Paulo-Paris-Roma. Depois para Londres, México e Madrid. Porém o plano da Gol não saiu como o esperado. A VRG amargou péssima ocupação em seus voos, tanto nos nacionais, quanto nos internacionais. E para piorar o preço do combustível "explodiu". Como resultado a Gol ficou no vermelho pela primeira vez.
Em 2008 a Gol recuou. Reduziu os voos intercontinentais para apenas Paris e Madrid. Mas a VRG continuava com ocupações inferior a 50%. Então, poucas semanas depois, decidiu encerrar os todos os voos intercontinentais. A VRG foi fundida com a Gol, na tentativa de reduzir os custos que tinham aumentado vertiginosamente após a compra da VRG. Na verdade a Gol é quem foi absorvida pela VRG, pois a ela possuía vários benefícios fiscais. No final do ano a Gol lançou a classe "Comfort", uma classe econômica diferenciada.
A fusão melhorou a situação da Gol, mas no inicio de 2009 a ocupação dos voos começou a rondar os 50% e os internacionais chegaram a ficar abaixo de 50%. A Gol não pensou duas vezes e acabou com os voos para Lima e reduziu os voos para Santiago, Caracas e Bogotá. A empresa também mudou o serviço de bordo, aposentando a barrinha de cereal e passou a oferecer sanduíches. Mas a grande aposta da Gol em 2009 para se salvar foi o Smiles, o programa de fidelidade herdado da VRG. Em 2009 a Gol fechou acordos com Air France, Klm e American Airlines e fez várias promoções. O plano deu certo: no inicio da alta temporada de 2009 a ocupação nos voos melhorou bastante e companhia começou a ameaçar novamente a liderança da Tam no mercado nacional.
Em 2010 a Gol reativou quatro Boeing 767-300 para operarem voos fretados, pois a empresa estava com dificuldades para repassar as aeronaves e resolveu fazer os voos para diminuir o prejuízo gerado com essas aeronaves paradas. Além disso, a Gol também voltou a investir no mercado internacional, dessa vez com voos para o Caribe. Ilhas como Aruba, Punta Cana e Bridgetown começaram a receber voos operados com a marca Varig. Em julho o Smiles anunciou acordo com o Delta para acumulo e resgate de milhas.
Em fevereiro de 2011 a Gol passou, pela primeira vez, a Tam no mercado nacional. Porém a liderança foi perdida no mês seguinte. Também no inicio do ano de 2011 a Gol finalmente aposentou o último Boeing 737-300 da frota. Em setembro a companhia lançou o "Gol No Ar" um portal de entretenimento que pode ser acessado à bordo das aeronaves da companhia através da conexão Wi-Fi.
Em 1 de junho de 2011 a Gol encerrou os voos para Bogotá, devido à forte concorrência com Avianca e Tam. No mesmo mês a companhia foi a primeira da América Latina a receber e operar o primeiro Boeing 737 com "Sky Interior".
Em 8 de julho de 2011 a Gol anunciou a compra da WebJet por R$310 milhões, adquirindo slots nos aeroportos de Congonhas, Guarulhos e Santos Dumont e afastando a possibilidade de grupos estrangeiros entrarem no setor (a RyanAir vinha demonstrando interesse em comprar a WebJet). Um outro motivo foi a busca pela liderança no mercado doméstico. A intenção inicial da companhia era acabar com a marca WebJet, mas devido a reação negativa do CADE, a empresa mudou de idéia e manteve a marca.
Em dezembro de 2011 a Delta comprou US$ 100 milhões em ações da Gol, obtendo uma participação de aproximadamente 3%. As duas empresas ampliaram o acordo de code-share e a Gol passou a vender em seu website voos da Delta para Atlanta, Boston, Chicago, Washington, Los Angeles, entre outros.
Em outubro de 2012 a Gol anunciou a encomenda de 60 unidades da nova geração Boeing 737MAX e deixou de voar para Santiago. Em novembro anunciou o fim da marca WebJet e a aposentadoria dos Boeing 737-300 da empresa. Em dezembro iniciou voos regulares para os Estados Unidos (Miami e Orlando, com escala em Santo Domingo).
Em 2013 a Gol se tornou a transportadora oficial da Seleção Brasileira e criou o "Gol + Conforto", com maior espaço entre as poltronas. Além de focar em oferecer mais conforto, a Gol também iniciou uma estratégia para aumentar a sua receita em dólares e para isso começou a expandir no mercado internacional.
Em fevereiro de 2014 a Air France-KLM comprou 1,5% da Gol. Em julho a empresa aumentou seus voos para os EUA, passando a operar desde Campinas além do Rio e de São Paulo. No mesmo mês a Gol também voltou a voar para Santiago.
No dia 15 de julho de 2015 a Gol apresentou a sua nova identidade visual, a primeira mudança visual desde a fundação da companhia em 2001. Em agosto a empresa recebeu o primeiro Boeing 737-800 equipado com Scimitar Winglets.
No final de 2015 a Gol encerrou os voos para os EUA e Caracas, além de reduzir a oferta internacionais e nacional.
Em março de 2016 a empresa lançou o "Gol Premium", uma espécie de classe econômica premium nos voos internacionais. No dia 4 de outubro a Gol realizou o primeiro voo comercial com a internet a bordo, entre São Paulo e Brasília.
Em outubro de 2017 a companhia anunciou a criação de um HUB em Fortaleza, em parceria com a Air France-KLM.
Em julho de 2018 a Gol recebeu o seu primeiro Boeing 737 MAX 8 e anunciou a volta dos voos para os EUA. Além dos EUA, o maior alcance do B737MAX fez com que a Gol apostasse em outros destinos internacionais como Cancún, Quito e Lima. A companhia também fez uma leve alteração no seu logotipo. Porém com a proibição dos voos com o Boeing 737 MAX, a Gol teve que readequar a sua malha e frota, alugando temporariamente mais alguns Boeing 737NG.
Em 2019, após o anunciou da Joint Venture entre a Latam e a Delta, a Gol trocou a Delta pela American Airlines como parceira nos EUA. Mais tarde a American anunciou um investimento de R$ 1 bilhão na Gol, adquirindo 5% da companhia. Já a participação da Delta foi vendida.
Em abril de 2020, devido a pandemia do COVID-19, a Gol anunciou uma malha doméstica reduzida atendendo todas as capitais a partir do aeroporto de Guarulhos (SP) e todos os voos internacionais foram suspensos.
Em dezembro de 2020, após a liberação pelas autoridades, a companhia retomou os voos com o Boeing 737 MAX, sendo a primeira no mundo a realizar essa façanha.
Em dezembro de 2021 a Gol começou a retomar os voos internacionais, sendo os primeiros destinos Punta Cana, Montevidéu e Cancun.
Em 2022 a companhia começou a operar aeronaves totalmente cargueiras, Boeing 737-800F. Em maio anunciou, juntamente com a Avianca, a criação do Grupo Abra, uma holding com objetivo de controlar um grupo de companhias aéreas para fazer frente ao Grupo Latam. Em 2023 o Grupe Abra começou a gerar frutos com a associação da Aerolineas e a volta dos voos da Gol para Bogotá.
Em janeiro de 2024 a empresa entrou com um pedido de recuperação judicial voluntária nos EUA (Chapter 11), seguindo os mesmos passos da Latam e da Avianca.