A Revolução Russa, em 1917, marcou a transição do regime imperial czarista para um sistema socialista. A revolução aconteceu em plena Primeira Guerra Mundial, porém a Rússia tinha os seus próprios problemas internos. Entre 2018 e 2021 a Rússia enfrentou uma guerra civil, onde os bolcheviques saíram vitoriosos e formaram a União Soviética, em dezembro de 1922. A partir daí iniciou-se um período de reconstrução da infraestrutura e recuperação econômica. O governo viu o transporte aéreo como uma ferramenta para integrar vasto território da União Soviética. Nesse sentido foi fundada, em 17 de março de 1923, a Dobrolet - a primeira companhia aérea soviética. A rota inaugural foi lançada no dia 15 de julho de 1923, entre Moscou e Nizhny Novgorod. A frota inicial era composta por aeronaves alemãs Junkers F-13 e Junkers W33. Durante os anos 1920 a Alemanha estava limitada pelo Tratado de Versalhes e encontrou na URSS um parceiro estratégico para o desenvolvimento de sua indústria aeronáutica. A companhia aérea alemã e russa, Deruluft, fundada em novembro de 1921, simbolizava a parceria entre os dois países na aviação. A Deruluft realizava voos regulares entre a Alemanha e a União Soviética, com aeronaves Junkers F-13 e Dornier Merkur. Com a ascensão do nazismo na Alemanha e o aumento das tensões políticas nos anos 1930, a parceria entre Alemanha e União Soviética começou a se deteriorar, culminando no fim da Deruluft em março de 1937. Nesse período a Dobrolet focou na expansão da malha aérea dentro da URSS, expandindo sua operação por toda a Rússia e alcançando destinos como Tashkent (no Uzbequistão), Kiev (na Ucrânia), Minsk (na Bielorrússia) e Tbilisi (na Geórgia).
A deterioração da relação com a Alemanha e o inicio da Segunda Guerra Mundial fez com que a URSS buscasse desenvolver sua própria indústria aeronáutica. Com isso a frota da Dobrolet começou a ser renovada com aeronaves produzidas localmente, como o monomotor para 4 passageiros AK-1 e o monomotor para 10 passageiros K-5.
Em fevereiro de 1932 a Dobrolet passou a se chamar Aeroflot, que uniu todas companhias aéreas da URSS em uma única empresa. Diferente de uma companhia aérea convencional, a Aeroflot foi estabelecida como o sistema abrangente de aviação civil da União Soviética, controlando todas as atividades relacionadas à aviação no país. Além do transporte de passageiros e carga, a Aeroflot também era responsável por realizar missões governamentais, ajuda humanitária, expedições científicas, exploração do Ártico e pesquisa meteorológica. A Aeroflot também gerenciava escolas de aviação e programas de treinamento. Tanto os pilotos quanto a frota da Aeroflot podia ser convertida rapidamente para uso militar. No contexto da Guerra Fria, a Aeroflot era frequentemente vista pelo Ocidente como disfarce para missões militares. A Aeroflot era também uma ferramenta de propaganda soviética. Com a centralização, ao final da década de 1930 a Aeroflot já era a maior companhia aérea do mundo, com mais de 60 mil funcionários e 3 mil aeronaves! Isso foi possível porque simplesmente todas as aeronaves registradas na URSS eram de propriedade da Aeroflot. Apesar do número grandioso, cerca de 70% dessas aeronaves eram obsoletas. Para renovar e modernizar essa gigantesca frota, a URSS investiu pesado na produção de aeronaves locais. Ainda no contexto da Segunda Guerra Mundial, a URSS e os EUA estavam cooperando contra um inimigo comum. A URSS soube aproveitar esse momento para licenciar a fabricação do Douglas DC-3 na URSS. A versão soviética do DC-3 ficou conhecida como Lisunov Li-2 e sua produção começou em 1939. O Li-2 se tornou a espinha dorsal da frota da Aeroflot durante toda a década de 1940. A produção local do DC-3 também contribuiu para acelerar o desenvolvimento da indústria aeronáutica soviética.
A exemplo de sua frota, a Aeroflot também criou uma gigantesca malha aérea. A prioridade inicial foi conectar as diversas regiões da URSS, ligando Moscou a cidades importantes. O próximo passo foi conectar regiões remotas, com o lançamento de rotas para o Ártico e a Sibéria. Já na década de 1940 a Aeroflot chegou em países como Alemanha, Polônia, Tchecoslováquia e Romênia. Na década de 1950 a malha foi expandida para Finlândia, Escandinávia, China e Paquistão.
No final dos anos 1940 e inicio dos anos 1950 a frota da Aeroflot começou a ser renovada com aeronaves An-2, Il-12 e Il-14.
Em 15 de setembro de 1956 a Aeroflot começou a operar o seu primeiro jato, o Tupolev Tu-104 (segundo jato comercial do mundo), na rota Moscou - Omsk - Irkutsk. O primeiro destino internacional servido pelo Tu-104 foi na rota para Praga. No final da década foram introduzidos na frota o Il-18 e An-10.
Em abril de 1961 foram inaugurados os voos com o Tu-114. O grande alcance da aeronave permitiu que a Aeroflot expandisse sua malha de longa distância, incluindo o lançamento dos voos para Cuba, Coréia do Norte e Tokyo. Até dezembro de 1961 a malha da Aeroflot já cobria cidades como Delhi, Kabul, Cairo, Sofia, Budapeste, Viena, Paris, Bruxelas, Belgrado, Warsaw, Amsterdam, Londres e Copenhagen. Nos anos seguintes a companhia expandiu sua malha no continente africano, com o inicio dos voos para Algiers, Rabat, Accra, Brazzaville e Mogadíscio.
Em setembro de 1967 entrou em operação o jato de grande porte Il-62, que no mesmo mês inaugurou voos para Montreal. No ano seguinte essa aeronave foi responsável por inaugurar os voos para os EUA, na rota Moscou - Nova York. Ainda na década de 1960 a Aeroflot introduziu em sua frota os jatos Yak 40, Tu-124 e Tu-134 e o popular turboélice An-24.
A Aeroflot entrou na década de 1970 com uma malha aérea com mais de 600 mil quilômetros de extensão, atendendo 54 países, nas Américas, Europa, África e Ásia. A sua malha doméstica na URSS atendia mais de 3 mil cidades. Foi nessa década que a companhia ampliou sua presença na América Latina. Como uma extensão da rota para Cuba, a Aeroflot passou a voar para Lima e Santiago. No final dos anos 1970 mais uma extensão da rota para Cuba levou a companhia até a Cidade do México. Já nos anos 1980, Buenos Aires também ganhou um voo da companhia.
Em 1972 entrou em operação a nova geração de jatos russos Tu-154, de tamanho semelhante ao Boeing 727.
Em 1975 a Aeroflot foi uma das três companhias aéreas no mundo a ter voos regulares supersônicos, com o Tu-144. Porém os voos regulares não duraram muito tempo, sendo os voos com passageiros operados apenas entre 1977 e 1978.
Em fevereiro de 1981 a Aeroflot iniciou voos regulares com o seu primeiro wide-body, Il-86.
Em 15 de setembro de 1983 a Aeroflot foi proibida de voar para os Estados Unidos, após um voo da Korean Air ser abatido pela Força Aérea Soviética. Os voos para os EUA foram retomados em abril de 1986.
No final dos anos 1980 a Aeroflot alcançou uma frota de mais de 11 mil aeronaves. No entanto a URSS não duraria muito mais tempo. Em 1991 a URSS entrou em colapso e a Aeroflot enfrentou uma série de dificuldades e mudanças. A desvalorização da moeda, instabilidade econômica e política e a crise financeira enfrentada pela Rússia pós-soviética afetaram não só a Aeroflot, mas toda a indústria de aviação do país.
Em 1992 a Aeroflot foi dividia em várias empresas ligadas a aviação. A maior parte continuou com o nome Aeroflot, operando como uma companhia aérea, com foco nas rotas internacionais. A sua frota passou a ser composta por pouco mais de cem aeronaves Il-62, Il-76, Il-86, Tu-134 e Tu-154. A partir de então a Aeroflot perdeu seu monopólio sobre o transporte aéreo e passou a sofrer uma concorrência interna. Para se adaptar às mudanças a Aeroflot lançou uma nova identidade visual e realizou uma profunda reorganização. Ainda em 1992 começou a operar a sua primeira aeronave não Russa, o Airbus A310-300 e, em 1993, o Boeing 767-300.
Em outubro de 1993 a Aeroflot iniciou operações para o Brasil com o Ilyushin IL-62, para São Paulo e Salvador. Também em 1993 a Aeroflot iniciou operações com o IL-96-300, que substituiu o o IL-62 em novembro na rota para o Brasil e a escala em Salvador foi cancelada.
Em 1994 a Aeroflot foi parcialmente privatizada, depois que o governo russo vendeu 49% das suas ações.
Em 1995 a empresa esteve envolvida em um escândalo de corrupção que afetou a sua imagem. Apesar de alguns esforços de expansão e modernização, a década de 1990 foi bastante turbulenta para a Aeroflot, que sofreu com uma frota envelhecida, instabilidade cambial, queda na demanda de passageiros e maior concorrência. A companhia iniciou uma renovação da frota com dois Boeing 777 (em 1998) e dez Boeing 737-400, sendo o primeiro recebido em 1999. Porém essas aeronaves ficaram pouco tempo na frota e foram substituídas por aviões da Airbus.
Em 2000 os voos para o Brasil foram cancelados. Porém foi também nos anos 2000 que a Rússia começou a mostrar uma recuperação mais forte da economia, com a estabilização da moeda local, aumento do poder de compra da população e o aumento da demanda de passageiros, o que beneficiou a Aeroflot.
Em 2003 a Aeroflot anunciou uma nova identidade visual e começou a receber aeronaves Airbus A319 e A320, substituindo as aeronaves soviéticas Tu-134 e Tu-154, além dos Boeing 737-400.
Em abril de 2006 a companhia entrou na SkyTeam e no mesmo ano criou a subsidiária cargueira, Aeroflot Cargo.
Em 2008 começou a operar com aeronaves A330, que substituíram os IL-62, IL-96 e Boeing 777-200. A primeira rota foi entre Moscou e São Petersburgo. Além da renovação da frota com aeronaves Airbus, a Aeroflot acelerou sua expansão com a aquisição de outras companhias aéreas russas, tais como Donavia (em 2000), Nordavia (2004) e Rossiya (2010).
Em 2011 a Aeroflot inicou operações com o Sukhoi Superjet, que em pouco tempo se tornou a única aeronave de origem russa na frota, após a aposentadoria do IL-96 em 2014.
Em 2013 a frota da Aeroflot ultrapassou 150 aeronaves e a empresa voltou a operar aeronaves da Boeing, com a introdução dos primeiros Boeing 737-800 e Boeing 777-300ER.
Em 2015 a Aeroflot foi a principal beneficiada com o fim da segunda maior companhia aérea russa, a Transaero.
Em 2018 recebeu o seu primeiro A350-900 e, em 2021, o primeiro A320neo.
Em março de 2020 o governo russo adquiriu 51% da empresa para salvá-la da crise do COVID-19.
Em fevereiro de 2022 a Aeroflot foi duramente afetada pelas consequências da invasão russa na Ucrânia. A companhia foi banida do espaço aéreo de vários países, forçando a empresa a suspender praticamente todos os voos internacionais. Em abril a empresa foi suspensa da SkyTeam. Ao longo do ano, a Aeroflot retomou parte dos voos internacionais, que ficaram restritos a alguns destinos na África, Oriente Médio e Ásia. A frota, que havia ultrapassado a marca de 250 aeronaves em 2022, começou a ser reduzida, a medida que as empresas de leasing requisitaram o retorno das aeronaves. Embora a Rússia tenha conseguido reter grande parte das aeronaves, a Aeroflot começou a enfrentar dificuldades para realizar a manutenção, uma vez que as fabricantes como Airbus e Boeing interromperam o fornecimento de peças de reposição e o suporte técnico na Rússia. No curto prazo a companhia conseguiu manter sua frota de aeronaves Airbus e Boeing operando, embora isso não seja sustentável no longo prazo. A saída encontrada pelo governo foi a transição para aeronaves fabricadas localmente, como o Sukhoi Superjet e o MC-21.