Depois da guerra civil da Rússia, o governo começou a estudar a criação de uma companhia aérea no país. Em 9 de fevereiro de 1923 foi criada a Dobrolyot, que iniciou atividades voando dentro da Rússia. O primeiro voo regular teve inicio em julho, entre Moscou e Nizhniy Novgorod. Além de aeronaves soviéticas, a Dobrolyot operou Junkers F13 e W33. Em 25 de fevereiro de 1932 a companhia passou a se chamar Aeroflot, que uniu todas as atividades da aviação civil sob uma única empresa. Ao final da década de 30 a Aeroflot já era a maior companhia aérea do mundo, com mais de 60 mil funcionários e 3 mil aeronaves! Porém mais de 70% eram obsoletas. A Aeroflot não era simplesmente uma companhia aérea, ela também realizava outras funções como suporte para as plataformas de petróleo, ajuda na Agencia Aeroespacial Soviética, ajuda na Força Aérea Soviética, transportadora oficial do governo e missões cientificas para os Pólos. Segundo o mundo ocidental, a Aeroflot servia de disfarce para várias missões militares.
A partir de 1939 começou a produção do Lisunov Li-2, que nada mais era do que o DC-3 produzido sob licença na URSS. Essa aeronave se tornou a espinha dorsal da frota durante muitos anos.
Durante a Segunda Guerra Mundial, todas as atividades foram colocadas ao serviço dos militares. Após a guerra, a companhia iniciou voos internacionais, primeiramente no entorno da União Soviética e depois para todo o mundo. A frota foi renovada com novas aeronaves soviéticas como o Antonov An-2, Il-12 e Il-14.
Em 15 de setembro de 1956 a Aeroflot começou a operar o seu primeiro avião a jato, o Tupolev Tu-104 (segundo avião a jato do mundo), na rota Moscou- Omsk - Irkutsk.
Nos anos 60 a empresa renovou a frota com aeronaves Tu-114, Tu-154, Il-18, Il-62 e An-24. Em 1968 foi inaugurado o voo Moscou - Nova York, operado pelo Il-62.
Em 1975 a Aeroflot foi uma das três companhias aéreas no mundo a ter voos regulares supersônicos, com o Tu-144. Porém os voos foram cancelados apenas três anos após o inicio das operações.
Em 1976 a companhia transportou 100 milhões de passageiros e voava para todos os continentes, exceto a Oceania. No final dos anos 80 a companhia tinha mais de 11 mil aeronaves, pois todas as aeronaves da União Soviética eram de propriedade da Aeroflot.
Em 15 de setembro de 1983 a Aeroflot foi proibida de voar para os Estados Unidos.
Em 1992, com o fim da União Soviética, a Aeroflot foi dividia em mais de 300 empresas. A maior parte da companhia continuou como Aeroflot e em 1994 o governo russo vendeu 49% das suas ações para os empregados da companhia. A companhia também passou a utilizar aeronaves que não eram fabricadas na Rússia, como Boeing e Airbus.
Em 1992 a companhia recebeu a primeira aeronave não Russa, o Airbus A310-300 e em 1993 o Boeing 767-300.
Em outubro de 1993 a Aeroflot iniciou operações para o Brasil com o Ilyushin IL-62, para São Paulo e Salvador. Também em 1993 a Aeroflot iniciou operações com o IL-96-300, que substituiu o o IL-62 em novembro na rota para o Brasil e a escala em Salvador foi cancelada. Em 2000 os voos para o Brasil foram cancelados.
Em 1998 a companhia recebeu o primeiro Boeing 777 e em 1999 o primeiro B737.
Em 2003 a Aeroflot anunciou uma nova identidade visual e a encomenda de aeronaves Airbus A319/A320 e Boeing 767-300.
Em abril de 2006 a companhia entrou na SkyTeam. No mesmo ano foi criada a subsidiária cargueira, Aeroflot Cargo.
Em 2008 a empresa começou a operar com aeronaves A330. A primeira rota foi entre Moscou e São Petersburgo.
Em 2015 a Aeroflot foi a principal beneficiada com o fim da segunda maior companhia aérea russa, a Transaero.
Em março de 2020 o governo russo adquiriu 51% da empresa para salvá-la da crise do COVID-19.
Em fevereiro de 2022 a Aeroflot foi duramente afetada pelas consequências da invasão russa na Ucrânia. A companhia foi banida do espaço aéreo de vários países, forçando a empresa a suspender praticamente todos os voos internacionais. Em abril a empresa foi suspensa da SkyTeam. Ao longo do ano, a Aeroflot retomou parte dos voos internacionais, que ficaram restritos a alguns destinos na África, Oriente Médio e Ásia.

A Donavia, também conhecida como Aeroflot-Don, foi fundada em 1991 após o fim da URSS. Foi comprada pela Aeroflot em 2000 e passou a ser uma subsidiária regional. Em abril de 2016 a Donavia foi absorvida pela Rossyia.

A Nordavia também conhecida como Aeroflot-Nord, foi fundada em 1963. Em 2004 a Aeroflot comprou 51% da companhia e se tornou uma subsidiária regional. Em março de 2011 a companhia foi vendia para a Norilsk Nickel.

A OrenAir tem origem da Aeroflot, que foi dividia. A empresa começou a operar com o atual nome em 1992 e foi comprada pela Aeroflot em 2010. Em abril de 2016 a OrenAir foi absorvida pela Rossyia.

Pobeda é a subsidiária low cost, low fare da Aeroflot. A companhia foi criada em setembro de 2014 e iniciou operações em dezembro.

A Rossiya foi criada em 1992 e sempre foi estatal. Em 2010 a companhia foi adquirida pela Aeroflot.