A Panair do Brasil foi a maior companhia aérea do Brasil até 1965, quando foi obrigada a fechar as portas no governo militar. A Panair foi uma das pioneiras na rota Brasil-Europa, era reconhecida mundialmente e oferecia aos seus passageiros o "Padrão Panair": um serviço de alta qualidade que incluía talheres de prata e  copos de cristal.
No dia 7 de março de 1929 nascia a NYRBA (New York - Rio de Janeiro - Buenos Aires), uma companhia aérea com o propósito de transportar carga dos EUA para a América do Sul. O primeiro voo ocorreu no dia 11 de junho com um hidroavião Sikorsky S-38. No dia 15 de outubro a NYRBA foi autorizada a voar para o Brasil e em dezembro foi inaugurada a rota Rio de Janeiro - Buenos Aires.
No dia 24 de janeiro de 1930 foi criada a NYRBA do Brasil, pois a legislação brasileira só dava condições iguais de competição se a companhia tivesse uma subsidiária fundada no Brasil. Em abril do mesmo ano, a NYRBA foi comprada pela Pan Am. Com isso, no dia 17 de outubro, a NYRBA do Brasil virou Panair do Brasil. A frota inicial da Panair era formada por quatro Consolidated Commodore e quatro Sikorsky S-38, vindos da Pan Am. A primeira rota de passageiros da empresa foi inaugurada em 1931 e passava por todo o litoral brasileiro, desde Belém até Rio de Janeiro, numa viagem que levava cinco dias. As rotas da Panair ainda tinham conexão com as rotas da Pan Am. A partir de Belém os passageiros da Panair podiam ir até Nova York e a partir do Rio de Janeiro podiam ir até o Uruguai e Argentina.
Em 1934 a Panair iniciou sua linha seguindo o rio Amazonas, desde Belém até Manaus, com hidroaviões. Essa rota tinha 1.500 km de extensão e era operada uma vez por semana em cada sentido. Para garantir a lucratividade, o governo federal brasileiro assegurou uma subvenção por quilômetro voado. Dessa forma a Panair conseguiu chegar em regiões remotas do Brasil, sendo muitas vezes o único elo de ligação dessas cidades com o resto do país, oferecendo um transporte rápido e consistente.
Em 1935 a empresa passou a ter o seu primeiro piloto brasileiro, até então a tripulação era somente americana. No ano seguinte a Panair recebeu o seu primeiro Fairchild 91, aeronave especialmente projetada para operar no rio Amazonas.
Em 1937 a Panair do Brasil recebeu o seu primeiro avião terrestre, o Lockheed 10E "Electra". Eles operaram entre o Rio de Janeiro, Belo Horizonte e São Paulo. Nesse ano a Panair também iniciou voos para Assunção.
Com o inicio da Segunda Guerra Mundial, os EUA, através da Panair, construiu e melhorou aeroportos em toda a costa norte-nordeste do Brasil, desde Belém até Salvador, incluindo Fernando de Noronha, que serviram de base para os aviões da guerra. Além disso a companhia assumiu algumas rotas da Syndicato Condor (futuramente Cruzeiro do Sul), pois esta estava com dificuldades para receber peças para as suas aeronaves (que eram da Alemanha).
Em junho de 1940 veio o primeiro DC-2, e em 1945 o primeiro DC-3, que se tornou a principal aeronave para voos curtos na companhia. A frota de DC-3 cresceu rapidamente até atingir 19 unidades operadas simultaneamente. Com os DC-3 a Panair expandiu sua malha para o interior de São Paulo e Minas Gerais, além de Campo Grande e Corumbá, oferecendo conexão com a Panagra para a Bolívia.
Em dezembro de 1943 a participação da Pan Am foi reduzida para 58%.
No dia 27 de abril de 1946 foram inaugurados os voos para Europa, na rota Rio de Janeiro - Recife - Dakar - Lisboa - Paris - Londres. A Panair do Brasil foi uma das primeiras companhias a ter voos regulares para Europa após a Segunda Guerra Mundial. Para operar essas rotas, a Panair se tornou a primeira companhia aérea no mundo, fora dos EUA, a receber o Constellation. A expansão internacional da companhia seguiu com a inauguração dos voos para Madrid e Roma, em setembro.
Em 1947 a empresa recebeu o seu primeiro Catalina, aeronave que ficou muito conhecida na região Amazônica. No mesmo ano a Panair chegou na África, com voos para o Cairo, e expandiu seus destinos na Europa com voos para Frankfurt, Istambul e Zurich (em 1948).
Em 1951 foram inaugurados os voos para Lima e Santiago.
Em 1952 a Panair seria uma das primeiras companhias aéreas do mundo a operar jatos, com uma encomenda do Comet 1. Mas a encomenda foi cancela devido aos acidentes com a aeronave. Em seu lugar vieram os DC-7 em 1957.
Em 1953 a Panair do Brasil passou a voar para Hamburgo e Dusseldorf. Mas foi na década de 50 também que os problemas da Panair começaram. Três acidentes com os Constellations arranharam a imagem da empresa.
Em 1959 a Varig iniciou voos com jatos e a Panair "correu" para adquirir os seus também. Nesse ano a empresa fechou com a Pan Am a venda do restante de suas ações para brasileiros. A companhia entrou finalmente na era do jato no dia 21 de março de 1961, quando recebeu os dois primeiros DC-8-33. Nessa altura a companhia já estava totalmente nacionalizada.
Em julho de 1962 chegaram os Caravelle VI-R, escolhidos para realizar as principais rotas domésticas e as rotas para a América do Sul. Mas a companhia enfrentou mais acidentes. Um dos quatro DC-8 caiu na Baia de Guanabara logo depois de decolar. Foi o primeiro acidente com um jato no Brasil. Especulava-se na época que a Panair estava sem dinheiro para fazer a manutenção de suas aeronaves.
Em 1964 o governo militar assumiu o poder no Brasil e classificou a relação entre a Panair com a Pan Am como "ameaça a soberania nacional". E para piorar os executivos da Panair tinham laços com Juscelino Kubitschek, João Goulart e Jânio Quadros, fazendo da Panair uma "inimiga" do governo militar.
No dia 10 de fevereiro de 1965 o presidente da Panair recebeu um telegrama do governo dizendo que o certificado de operação da empresa foi cassado. Cinco dias depois a falência da companhia foi oficialmente decretada e o governo se apossou dos ativos da empresa. As rotas nacionais e os Caravelles foram repassados para a Cruzeiro e os DC-8 e as rotas internacionais foram repassadas para a Varig. Ficou claro que o fechamento da Panair já tinha sido planejado, caso contrário seria impossível que no mesmo dia a Varig conseguisse operar todas as rotas internacionais da companhia, sem deixar de embarcar nenhum passageiro.
Em dezembro de 1984 o Supremo Tribunal Federal concluiu que a falência da empresa foi uma fraude. Mas já era "um pouco" tarde demais.