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Em novembro de 1975 o governo brasileiro resolveu criar o SITAR (Sistema Integrado de Transporte Aéreo Brasileiros) para atender melhor as pequenas cidades no interior do país. Foram criadas então várias companhias regionais, cada uma atendendo uma região do país. A Nordeste Linhas Aéreas foi criada pela TransBrasil e pelo governo da Bahia e ficou responsável pelos estados do Piauí, Ceará, Rio Grande do Norte, Paraíba, Pernambuco, Alagoas, Sergipe e Bahia. Além disso a companhia também podia voar para parte do Maranhão, Minas Gerais e Espírito Santo e para Rio de Janeiro, São Paulo e Brasília.
A primeira aeronave chegou em 8 de junho de 1976, um EMB-110 e a companhia ainda iria receber mais três. Pouco tempo depois a TransBrasil saiu da sociedade.
Em 1984 a frota era composta de oito EMB-110 e atendia mais de vinte cidades. Em 1986 a companhia sofreu intervenção federal e arrendou três DC-3 da Taf e um FH227 da Taba para realizar voos do correio.
Em 1988 a Nordeste possuía treze EMB-110 e em 1990 o governo baiano já não tinha nenhuma ação da companhia.
Em novembro de 1992 chegaram os dois primeiros EMB-120.
Em 10 de janeiro de 1995 a Nordeste foi comprada pela Rio Sul, que fazia parte do grupo Varig. A partir daí a frota da companhia foi reestruturada e foi iniciada uma grande expansão. Novas aeronaves foram recebidas: dois Boeing 737-500, quatro EMB-120 e dois Fokker 50.
Em 1997 a companhia passou a voar também para a região norte do Brasil e ocupou o lugar da Taba na região. Nessa altura a companhia contava com mais de trinta destinos e dez aeronaves. E nesse ano a Rio Sul começou a receber os jatos ERJ-145 para substituir os Fokker 50. Com isso os F-50 foram passados para a Nordeste.
Em 1999 a companhia começou a operar três ERJ-145 que eram da Rio Sul, porém eles nunca foram pintados nas cores da empresa. Os ERJ-145 substituíram os Fokker 50.
Em 2000 a companhia estava no seu auge, recebeu o primeiro Boeing 737-300 e passou a atender mais de quarenta cidades no Brasil. A frota da companhia chegava a 17 aeronaves e transportou mais de um milhão de passageiros.
Em 2001 a Nordeste foi pioneira em apresentar propagandas nas fuselagens das aeronaves. A idéia foi trazida dos Estados Unidos e as primeiras empresas a utilizarem o serviço foram a Gazeta Mercantil e a BR Aviation.
Mas enquanto a Nordeste estava se expandindo, a Varig (sua empresa mãe), estava mergulhada em uma crise financeira. Em setembro de 2002 as operações da Nordeste foram absorvidas pela Varig numa tentativa de melhorar a saúde financeira do grupo.
Em 2003 a Nordeste já estava totalmente absorvida pela Varig, porém a sua pintura ficou estampada nas aeronaves até a falência da Varig em 2006.
Em junho de 2006 a Varig foi leiloada e se dividiu em duas empresas: a "nova Varig" e a "velha Varig". A nova ficou conhecida como VRG Linhas Aéreas e a velha adotou o nome "Nordeste Linhas Aéreas", o mesmo da antiga subsidiária da Varig. A Nordeste Linhas Aéreas ficou com toda a divida da empresa e em recuperação judicial.
Em 2008 a companhia recebeu um Boeing 737-300 da Gol e retomou as operações com voos fretados e voos operados para a Gol. Desde então a empresa adotou o nome de Flex Linhas Aéreas. O novo nome foi escolhido pelo acionistas e entre os candidatos estavam o próprio nome Nordeste, Rio Sul e Cruzeiro. Entretanto a Flex não teve muito tempo de vida e logo encerrou as operações, colocando um ponto final na história da Nordeste Linhas Aéreas e do Grupo Varig.