A Pantanal Taxi Aéreo iniciou suas operações em 1989, com uma frota de aeronaves Cessna Citation, Embraer 810 e EMB-110. Aproveitando a abertura do setor, a empresa criou a sua companhia aérea regional, Pantanal Linhas Aéreas, em 1991. Os primeiros destinos atendidos foram Cuiabá, Rondonópolis, Campo Grande, Ponta Porã, Dourados, Presidente Prudente, Lins e Foz do Iguaçu. Estas cidades anteriormente eram operadas pela Tam Regional, que abriu mão das linhas para iniciar o projeto de desenvolvimento de pequenas empresas regionais. A empresa distribuía e alimentava os voos da Tam com três Embraer 110. No ano de 1992 o acordo com a Tam foi encerrado e a empresa adquiriu três Embraer 120.
Em abril de 1993 a empresa passou a operar como "Linhas Aérea Regional Regular" e iniciou a padronização da frota com turboélices ATR-42-300, visando proporcionar maior conforto aos seus clientes. A Pantanal configurou as aeronaves com 45 assentos (antes eram 50), aumentando em 3 polegadas o pitch (distância entre os assentos). Também foi concluída a padronização interna, estando todas as aeronaves equipadas com poltronas revestidas em couro legítimo.
Em 1994 a companhia realizou voos testes com uma aeronave Beech 1900C, porém acabou optando por não incorporar o modelo na frota.
Com a desvalorização do Real em 1999, a empresa começou a enfrentar dificuldades. A saída foi um acordo operacional com a Tam. A Pantanal passou a operar as rotas que a Tam havia deixado de fazer, depois da devolução dos Fokkers 50. Nestas rotas, a Pantanal realizava os voos com suas aeronaves e a Tam era responsável pelas vendas, reservas e check-in nos aeroportos. Através deste acordo, operavam para Juiz de Fora, São José dos Campos, Bauru, Uberlândia, Campinas, Marília e Presidente Prudente e tendo como origem o Aeroporto de Guarulhos. Posteriormente este acordo foi desfeito e a Pantanal deixou de operar para essas localidades. Sem investimentos, a companhia ficou estagnada. A frota passou de seis para quatro ATRs e os destinos foram reduzidos.
Em 2007 a ANAC (Agencia Nacional de Aviação Civil) decidiu não renovar o CHETA (licença para operar) da companhia. Através de uma liminar, obtida na justiça, a empresa continuou a operar.
Em dezembro de 2009 a companhia foi comprada pela Tam. A Tam chegou a anunciar que a marca Pantanal iria permanecer e seria sua subsidiária regional. Mas meses se passaram e nada foi feito, aliás só uma coisa foi feita: garantir os preciosos slots da Pantanal em Congonhas.
Em agosto de 2010 a Tam finalmente deu sinal de vida nova na Pantanal, com a inauguração de novos voos entre São Paulo e Ribeirão Preto, Uberlândia, Uberaba, São José do Rio Preto e Brasília, sendo que os voos regionais passaram a ser feitos a partir de Guarulhos. A Pantanal também lançou uma nova identidade visual, com as mesmas cores da Tam. Para as novas operações a Pantanal passou a utilizar aeronaves Airbus, que antes voavam pela Tam.
Em 2011 a Tam iniciou negociações para comprar parte da Trip e o futuro da Pantanal ficou ainda mais incerto. Em julho a companhia aposentou todos os ATRs e com isso a companhia deixou de atender as cidades de Araçatuba, Ribeirão Preto e São José do Rio Preto, Juiz de Fora e Uberaba. A Tam informou que todas essas cidades continuaram a ser atendidas pela empresa através do acordo de code-share com a Trip.
No dia 23 de agosto de 2013 decolou o último voo da Pantanal, toda a malha e frota da companhia foram incorporados pela Tam.

Evolução da companhia:

Fundação: 1989
Encerrou atividades: 2013
Principal Aeroporto: Congonhas - São Paulo
Sede: São Paulo
Destinos já operados: Varginha, Uberaba, Mucuri, Araraquara, Dourados, Governador Valadares, Franca, Rio Verde, Ponta Porã, Cuiabá, Rondonópolis, Campo Grande, Dourados, Presidente Prudente, Lins, Foz do Iguaçu, São Paulo, Juiz de Fora, Bauru, Marília, Araçatuba, Presidente Prudente, Maringá, Ribeirão Preto, Uberlândia, Uberaba, São José do Rio Preto e Brasília

 

> Frota:

> Aeronaves Utilizadas:

 

> Mapa de Rotas:

2010

2009

2005

2002

2001

1993

Atualizado em outubro de 2013